Nekako u isto vreme prestali su da postoje SFR Jugoslavija i Kup šampiona, tako da su fudbalski šampioni novostvorenih država počeli da uzimaju učešće u takmičenju novog formata i novog naziva – Ligi šampiona.
Osnovna razlika u početku bila je u tome što je u Ligi šampiona postojala grupna faza takmičenja. U prvim godinama pravo nastupa imali su samo nacionalni šampioni, kao i ranije u Kupu šampiona, da bi tokom vremena takmičenje počelo da uključuje više predstavnika iz jedne zemlje. Broj je zavisio od koeficijenta uspešnosti svake države u evropskim klupskim takmičenjima.
Prvi klub sa prostora nekadašnje Jugoslavije koji je u Ligi šampiona naleteo na kasnijeg pobednika ovog takmičenja bio je splitski Hajduk.
Splićani su kao šampioni Hrvatske igrali u sezoni 1994/95 kvalifikacioni dvomeč za plasman u Ligu šampiona protiv poljske Legije. Nakon dvostrukog trijumfa (1:0 u Varšavi i 4:0 na Poljudu), “bili” su se našli u elitnom društvu.
Tamo su u grupi sa portugalskom Benfikom, rumunskom Steauom i belgijskim Andrlehtom osvojili drugo mesto i obezbedili mesto u četvrtfinalu, gde ih je čekao holandski Ajaks.
Bila je to generacija Ajaksa po potencijalu blizu onoj Krojfovoj iz prve polovine 70-ih godina prošlog veka, koja je tri puta uzastopno uzela titulu šampiona Evrope. Ipak nisu ponovili podvig svojih prethodnika, već su osvojili “ušati” trofej samo 1995. godine, iako je od standardnih prvotimaca Amsterdam po završetku ove sezone napustio samo Klarens Sedorf, potpisavši za italijansku Sampdoriju.
Većinu u sastavu Hajduka činili su igrači koji su potekli u ovom klubu ili tu stekli punu fudbalsku afirmaciju. Gotovo neverovatno za današnje uslove zvuči činjenica da su prvi meč na Poljudu započela čak sedmorica rođenih Splićana – Gabrić, Vulić, Butorović, Pralija, Asanović, Andrijašević i Mornar. Trener Ivan Katalinić, nekadašnja Hajdukova golmanska legenda, stvorio je harmoničan kolektiv sastavljen od mladih talenata i već prekaljenih fudbalskih internacionalaca, koji je plasmanom u četvrtfinale Lige šampiona postigao jedan od najvećih evropskih uspeha u klupskoj istoriji.
1. mart 1995. godine, prva četvrtfinalna utakmica Lige šampiona
HAJDUK – Ajaks 0:0
Stadion: Poljud u Splitu. Gledalaca: 35.000. Sudija: Rišard Vojćik (Poljska). Žuti kartoni: Darko Butorović (Hajduk), Stjepan Andrijašević (Hajduk) i Frank de Bur (Ajaks).
HAJDUK: Tonči Gabrić, Zoran Vulić (od 46. Damir Vuica), Igor Štimac, Karol Praženica, Saša Peršon, Darko Butorović, Milan Rapaić, Nenad Pralija, Aljoša Asanović, Stjepan Andrijašević i Ivica Mornar (od 70. Sead Seferović). Trener: Ivan Katalinić.
AJAKS: Edvin van der Sar, Mihael Rajciger, Deni Blind, Frank Rajkard, Frank de Bur, Edgar Davids, Klarens Sedorf, Jari Litmanen, Patrik Klajvert (od 77. Vinston Bogarde), Finidi Žorž, Mark Overmars (od 58. Peter van Fosen). Trener: Luis van Gal.
Pred krcatim Poljudom, vodeći se izrekom “Bolje vrabac u ruci, nego galeb na palmi” domaćini su zaigrali oprezno, sa ojačanom odbranom i sredinom, a u napadu – šta bude. Ajaks je delovao opasnije po protivnički gol, dok su Splićani, tačnije, Pralija šutem sa 25 metara, samo jednom ozbiljnije zapretili golmanu Van der Saru.
15. mart 1995. godine, revanš-meč četvrtfinala Lige šampiona
Ajaks – HAJDUK 3:0 (2:0)
Strelci: Nvankvo Kanu (34) i Frank de Bur (43, 67) za Ajaks. Stadion: Olimpijski u Amsterdamu. Gledalaca: 40.000. Sudija: Jon Kraćiunesku (Rumunija). Žuti kartoni: Klarens Sedorf (Ajaks), Tonči Gabrić (Hajduk) i Igor Štimac (Hajduk).
AJAKS: Edvin van der Sar, Mihael Rajciger, Deni Blind, Frank Rajkard, Frank de Bur, Ronald de Bur, Klarens Sedorf – Sampdorija (od 79. Vinston Bogarde), Jari Litmanen, Finidi Žorž, Mark Overmars, Nvankvo Kanu (od 71. Patrik Klajvert). Trener: Luis van Gal.
HAJDUK: Tonči Gabrić, Damir Vuica, Igor Štimac, Karol Prodnog udarca aženica, Saša Peršon, Mirsad Hibić BiH, Mario Meštrović, Nenad Pralija, Aljoša Asanović, Renato Jurčec (od 67. Milan Rapaić), Tomislav Erceg S (od 51. Kazimir Vulić). Trener: Ivan Katalinić.
Hajdukov autobus ispred Gabrićevog gola prevrnuo se u finišu prvog dela kada je Ajaks preko Kanua i Franka de Bura postigao dva brza gola, i tu je pitanje polufinaliste Lige šampiona praktično bilo rešeno.
Frank de Bur je sjajnim golom iz slobodnog udarca u nastavku meča samo potvrdio trijumf holandskog prvaka.
Ajaks je u polufinalu bio bolji od nemačkog Bajerna, a u bečkom finalu od italijanskog Milana. Strelac jedinog gola na utakmici bio je Patrik Klajvert.
Partizan je u kvalifikacije za Ligu šampiona u sezoni 2003/04 ušao sa timom koji po imenima nije mnogo obećavao. Za trenera je postavljen Nemac Lotar Mateus, čija su se germanska disciplina i upornost začudo primili u Partizanu. Doveden je, neki su mislili, već isluženi veteran Taribo Vest, ali se nekadašnji nigerijski reprezentativac fudbalski preporodio u Beogradu i bio stub odbrane “crno-belih” u evropskim mečevima.
Iz Portugalije je pristigao još jedan veteran, bivši jugoslovenski reprezentativac Ljubinko Drulović, uz Milinka Pantića i Ramba Petkovića, možda i najpotcenjeniji srpski igrač u devedesetim godinama, s obzirom na veliku karijeru i poštovanje koje je uživao u inostranstvu, konkretno, Portugaliji.
Kao i Hajduk desetak godina ranije, i uprava Partizana oslonila se pretežno na domaće igrače. Petorica standardnih prvotimaca ponikla je u mlađim kategorijama kluba – Igor Duljaj, Albert Nađ, Ivica Iliev, Andrija Delibašić i Saša Ilić. Pored Vesta, jedini “pravi” stranac bio je još samo Poljak Tomaš Žonsa.
Nakon što su u Ligu šampiona ušli preko engleskog Njukasla, “crno-beli” su se u grupnoj fazi našli u društvu madridskog Reala, marsejskog Olimpika i budućeg pobednika Porta, na čijoj je klupi sedeo Žoze Murinjo.
Partizan je u prvom kolu na svom terenu odigrao nerešeno sa Portom, dok je na gostovanju istoj ekipi u petom kolu beogradski tim poražen sa 1:2.
Porto je zauzeo drugo mesto u “F” grupi, iza madridskog Reala. Portugalski predstavnik je zatim u osmini finala bio bolji od engleskog Mančester Junajteda, u četvrtfinalu od francuskog Liona i u polufinalu od španskog Deportiva la Korunje.
U finalnom meču odigranom u Gelzenkirhenu, Porto je deklasirao francuski Monako sa 3:0. Strelci: Karlos Alberto, Anderson Luis de Souza – Deko i Dmitri Aleničev.
Crvena zvezda je definitivno Milanov talisman. Dva puta su se ovi rivali susretali u najjačem klupskom evropskom takmičenju, oba puta je Milan bio bolji i oba puta su “crveno-crni” stizali do samog kraja i uzimali trofej.Osam godina nakon istorijskih mečeva, koji su tek nakon 266 minuta igre i osam penala doneli pobednika, Crvena zvezda je ponovo ukrstila koplja sa Milanom, ovaj put u poslednjem kolu kvalifikacija za Ligu šampiona.
Zbog afere nameštanja rezultata, poznate kao “Kalčopoli”, Milanu je u novom šampionatu oduzeto osam bodova. UEFA je zbog ovog skandala prvobitno izbacila italijanski klub iz Lige šampiona, ali ga je naknadno vratila, što je izazvalo različite reakcije u svetskoj fudbalskoj javnosti.
Logično, u odnosu na mečeve iz 1988. godine, obe ekipe pojavile su se u potpuno izmenjenim sastavima. Jedini izuzetak bio je Alesandro Kostakurta koji je nastupio za Milan i u prethodnom okršaju ovih timova. Trener Milana Karlo Anćeloti bio je akter duela iz 1988. godine, ali kao igrač. Paolo Maldini je zaigrao protiv Zvezde 1988. godine, bio je i u sastavu “rosonera” 2006. godine, ali nije ulazio u igru.
9. avgust 2006. godine, treće kolo kvalifikacija za Ligu šampiona
MILAN – Crvena zvezda 1:0 (1:0)
Strelac: Filipo-Pipo Inzagi (22). Stadion: “San Siro” u Milanu Gledalaca: 70.510. Sudija: Jan Vegeref (Holandija). Žuti kartoni: Perović i Gaj (Crvena zvezda).
MILAN: Dida, Kafu (od 79. Kristijan Broki), Dario Šimić, Alesandro Kostakurta, Seržinjo, Đenaro Gatuzo, Andrea Pirlo (od 81. Joan Gorkuf), Klarens Sedorf, Kaka, Alberto Đilardino (od 72. Masimo Ambrozini), Filipo Inzagi. Trener: Karlo Anćeloti.
CRVENA ZVEZDA: Ivan Ranđelović, Aleksandar Pantić, Milan Biševac, Ibrahim Gaj, Marko Perović (od 66. Đorđe Tutorić), Dušan Basta, Nenad Kovačević, Dejan Milovanović, Blagoj Georgijev, Boško Janković (od 89. Radovan Krivokapić), Nikola Žigić. Trener: Duško Bajević.
Zahvaljujući sjajnim odbranama Ivana Ranđelovića i nespretnim golgeterima Milaneza Inzagiju i Đilardinu, Zvezda je pretrpela samo minimalan poraz na “San Siru”. Prvu priliku da zatresu mrežu ipak su imali Beograđani, ali je brazilski golman Dida u drugom minutu sjajno intervenisao nakon kombinacije Janković – Georgijev.
22. avgust, revanš-meč trećeg kola kvalifikacija za Ligu šampiona
CRVENA ZVEZDA – Milan 1:2 (0:1)
Strelci: Pipo Inzagi (29) i Klarens Sedorf (79) za Milan, Dušan Đokić (80) za Zvezdu. Stadion: Crvene zvezde. Gledalaca: 55.000. Sudija: Klaus Bo Larsen (Danska). Žuti kartoni: Gaj (Crvena zvezda) i Inzagi (Milan).
CRVENA ZVEZDA: Ivan Ranđelović, Aleksandar Pantić (od 61. Milan Purović), Milan Biševac, Boško Janković (od 54. Marko Perović), Dušan Đokić, Nenad Kovačević, Blagoj Georgijev, Ibrahim Gaj, Dušan Basta, Dejan Milovanović (od 71. Dušan Anđelković), Nikola Žigić. Trener: Duško Bajević.
MILAN: Dida, Kafu (od 72. Đuzepe Favali), Seržinjo, Alesandro Kostakurta, Dario Šimić, Đenaro Gatuzo, Klarens Sedorf, Andrea Pirlo, Kaka, Alberto Đilardino (od 88. Marko Borjelo), Pipo Inzagi (od 68. Masimo Ambrozini).
Inzagijev pogodak u 29. minutu odlučio je pobednika dvomeča. Klarens Sedorf je u drugom delu povisio vođstvo gostiju na 2:0, a samo minut kasnije domaćini su smanjili preko Đokića.
Milan je zauzeo prvo mesto u grupi “H”, u konkurenciji francuskog Lila, grčkog AEK-a i belgijskog Anderlehta. U osmini finala Milanezi su bili bolji od škotskog Seltika, u četvrtfinalu od nemačkog Bajerna i u polufinalu od engleskog Mančester Junajteda.
“Rosoneri” su na Olimpijskom stadionu u Atini sa 2:1 savladali engleski Liverpul za sedmu evropsku titulu. Dvostruki strelac bio je Pipo Inzagi, dok je Kujt pogodio za Liverpul.